我系聘请陈左宁院士、蔡吉人院士、戴浩院士、冯登国教授为兼职教授，聘请IBM副总裁、IBM院士及IBM中国开发中心总经理郑妙勤女士为客座教授。冯铃获聘“长江学者奖励计划”特聘教授。美国加州大学姜涛被教育部批准为“长江学者奖励计划”讲座教授，将在生物信息学方面与我系展开合作研究。胡事民作为首席科学家负责的“可视媒体智能处理理论和方法”项目获得国家973计划项目支持。8月，刘斌、孙富春获得国家杰出青年基金资助。9月，郑纬民获得北京市优秀教师奖，吴文虎获得北京市高等学校教学名师奖。10月，应明生入选国家“百千万人才工程”。11月，孙茂松当选为中国中文信息学会副理事长。12月，杨广文获得中创软件人才奖。吴建平当选2006中国科技英才。郑纬民、武永卫参与的“中国教育科研网格”项目获得高等学校科学技术奖一等奖。李三江获得微软青年教授奖。孙富春任863计划空间飞行器专题专家组成员。
冯元的博士学位论文《量子信息的分辨、克隆、删除与纠缠转化》(指导教师：应明生)获得全国百篇优秀博士学位论文。段润尧的博士学位论文《量子纠缠转换与量子操作分辨》(指导教师：应明生)和郑凯的博士学位论文《高性能IP路由查找和分组分类技术的研究》(指导教师：刘斌)获得中国计算机学会优秀博士学位论文奖。我系学生赴台湾新竹122cc太阳集成游戏参加第八届两岸清华学生程序设计大赛。从是年开始，香港科技大学也加入该比赛，形成了有海峡两岸暨香港地区大学参与的两岸清华—香港科大程序设计大赛。陈汐等的论文获得FOCS 2006最佳论文奖。蓝晏翔获得122cc太阳集成游戏特等奖学金。
我系举行解放军某部工程硕士毕业典礼暨合作意向签字仪式。部队领导和副校长龚克签订了合作意向书，双方将在今后进一步合作。11月，我系成功主办第31届ACM/ICPC 2006亚洲区预选赛(北京)暨Google杯全国大学生程序设计邀请赛。
我系计算机软件与理论二级学科在北京市二级学科评估中名列第一。“中国教育科研网格”获得高等学校科学技术一等奖。“IPV6核心路由器”获得中国计算机学会王选奖一等奖。
北京市高等学校教育名师吴文虎
长江学者特聘教授冯铃
“IPv6核心路由器”获得2006年度中国计算机协会王选奖一等奖
我系吴建平主持的“中国下一代互联网示范工程CNGI示范网络核心网CNGI-CERNET2/6IX”项目顺利通过鉴定验收，人民日报在头版头条予以报道
973项目“可视媒体智能处理的理论与方法”举行启动实施会，我系胡事民教授任首席科学家
中央电视台《新闻联播》栏目报道我系吴建平主持的下一代互联网研究取得重大突破
姚期智给我系学生授课
陈左宁院士在我系兼职教授聘任仪式上做学术报告
郑妙勤博士(中)受聘我校客座教授
蔡吉人院士(左四)受聘我校兼职教授
戴浩院士(右)受聘我校兼职教授
冯登国(左)受聘我校兼职教授
美国麻省理工学院第一届亚洲MIT iCampus会议在我系召开
美国大学教授代表团访问我系
我系主办ACM/ICPC亚洲区预选赛暨Google杯全国大学生程序设计邀请赛
我系学生到台湾参加两岸清华及香港科技大学程序设计竞赛
我系举行解放军某部工程硕士毕业典礼
我系获得我院2006年度研究生“一二·九”合唱比赛一等奖
2006届研究生与校领导合影(前排左六为校党委书记陈希、左七为校长顾秉林)
学生节系列活动
本科生到林场、草原、农村、钢铁厂等地开展社会实践
2002级本科学生毕业合影（前排右十四为系党委书记杨士强）
1966届校友毕业40年聚会合影（前排左十为老领导凌瑞骥书记，前左六为吴麒）
