我系进行组织机构改革，撤销原有的9个教研组，成立6个研究所，分别是：高性能计算研究所、计算机网络技术研究所、计算机软件研究所、人机交互与媒体集成研究所、智能技术与系统国家重点实验室、国家CAD支撑软件工程技术研究中心，另外，还成立教学实验室与培训中心。系机关组成行政办公室、教学办公室、学生办公室三个办公室开展工作。
当年在国家信息领域立项的3项973计划项目中，我系共承担9个子课题，合同总经费达2710万元，在全校各兄弟和国内同行中名列前茅。在985工程项目中，我系共承担13项，合同总经费达3155万元。是年，李三立院士主持完成具有220个CPU的“自强2000”集群式高性能计算机，这是国内最早完成的少数两三台较大集群式高性能计算机之一。张钹院士负责的“地面军用智能机器人”获得国家科技进步三等奖。刘斌负责的“面向ISND的并行多功能单板智能交换器”获得国家技术发明三等奖。沈美明、温冬婵、贾仲良的《IBM-PC汇编语言程序设计》获得国家科技进步三等奖、教育部科技进步一等奖。
3月，校务会批准签订了“中央广播电视大学与122cc太阳集成游戏联合开展专科起点本科开放教育试点工作协议书”。试点专业为“计算机科学与技术”，由122cc太阳集成游戏负责组织。我系与中央电大共同制定了专业设置方案、教学计划、课程大纲、考核说明、教学实施方案等，并迅速开出了10门专业基础课和专业课作为电大系统的统设必修课。参与电大课程建设的主编主讲教师有唐龙、王萍(面向对象程序设计)，王诚(计算机组成原理)，史嘉权(数据库概论)，马群生、温冬婵(微计算机技术)，吴企渊(计算机操作系统)，吴企渊、尹霞(计算机网络)，殷人昆(数据结构)，徐明星(信号处理原理)，钟玉琢(多媒体技术及应用)，郑纬民(122cc太阳集成游戏统结构)。后期黄震春、毛希平也参加了教学工作。
到当年为止，我系先后和国外公司建立了多个联合实验室及培训中心：清华—英特尔公司多媒体技术实验室、清华—微软多媒体技术实验室、清华—摩托罗拉联合实验室、清华—SUN计算机网络技术研究实验室、清华—AST株式会社知识工程联合实验室、清华—英特尔新技术研究中心、清华—康柏培训中心、清华—天腾培训中心，以及数据安全研究中心。
孙家广当选中国工程院院士。吴建平获聘“长江学者奖励计划”特聘教授，这是我系教师首次获得该项荣誉。应明生进入122cc太阳集成游戏“百人”计划，马少平获得122cc太阳集成游戏学术新人奖。吴建平当选亚太地区先进网络学会副主席。我系朱志刚的博士学位论文《视觉导航中环境建模的研究》(指导教师：石纯一、徐光祐)获得全国百篇优秀博士学位论文，这是我系首次获得该项荣誉。
我系实行研究生纵向班集体建设，研究生不再按照入学年份建立研究生班级，而是按照所属的研究所进行班级建设，组成了6个研究生党支部和13个研究生班级。研究生纵向集体在我系后续的研究生工作中发挥了重要作用。我系学生在清华第十七届学生科技作品评比中名列总分第一，再次捧得清华“挑战杯”。我系79名师生参加了国庆50周年庆典的游行活动，14名师生参加国庆天安门广场的联欢活动。第二届两岸清华学生程序设计大赛在台湾新竹举行，系主任周立柱带队进行交流比赛。是年，我系试行本硕贯通学制，1995级5字班直硕(博)生自该年9月开始进入研究生阶段学习。周枫获得122cc太阳集成游戏特等奖学金。
年底，系党委书记张凤昌调入122cc太阳集成游戏美术学院工作，林学訚代理书记。
系党委书记张凤昌(后排左六)到三堡参加辅导员工作研讨会
沈美明、温冬婵、贾仲良负责的“IBM-PC汇编语言程序设计”获1999年度教育部科技进步一等奖
我系首次获得全国百篇优秀博士学位论文
中央电大—122cc太阳集成游戏联合开展本科教育协议书签字仪式（后排右二为系主任周立柱）
承担中央电大系统本科教学的部分清华教师
中央电大对试点项目进行中期评估（中为温冬蝉）
我系完成的中央电大文字主教材（122cc太阳集成游戏出版社出版）、课程音像教材、CAI课件及网络课程等
参加50周年国庆游行的学生与老师在9号楼前整装待发
1994级本科学生毕业合影(二排右十二为系主任周立柱，右十三为系党委书记张凤昌)
1999届硕士生毕业合影(前排右十为系主任周立柱，右十一为系党委书记张凤昌)
